腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞可作為新的抗PD-1療效的泛癌預(yù)測生物標(biāo)志物
最后，為了驗(yàn)證上述結(jié)論，分析了應(yīng)用PD－1／PD－L1或CTLA－4治療的患者的數(shù)據(jù)集，觀察到高淋系和TIL評分與更好的無進(jìn)展生存有關(guān)（圖5A，B）。在另一個(gè)隊(duì)列中也證實(shí)在轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的抗CTLA－4治療中，高淋系和TIL評分與更好的無進(jìn)展生存有關(guān)（圖5C，D）。在另外兩個(gè)應(yīng)用PD－1／PD－L1療法的隊(duì)列中，高淋系評分也與更好的結(jié)果有關(guān)（圖5E，F(xiàn)）。使用AUC作為評估標(biāo)準(zhǔn)，可發(fā)現(xiàn)基于淋系評分或TIL評分比經(jīng)典signature（如EIG或免疫浸潤）預(yù)測患者預(yù)后的性能更好（圖5G－J）。接下來對兩個(gè)隊(duì)列中將TIL和淋巴評分與IMPRES、IPS和TIDE進(jìn)行比較（圖5G、H）。TIL評分在Dijon－Montreal隊(duì)列中表現(xiàn)最好，但在Van Allen隊(duì)列中表現(xiàn)最差，淋系評分表現(xiàn)則較為穩(wěn)定。值得注意的是，在GSE數(shù)據(jù)中，因?yàn)橄嚓P(guān)基因表達(dá)數(shù)據(jù)缺失，TIL評分、IMPRES、IPS和TIDE無法被計(jì)算。
圖5A－F．TIL和淋系評分高與低的患者無進(jìn)展生存期的差異；圖5G－J．基于TIL評分、淋系評分、CD3E、IPS、IMPRES以及TIDE在不同數(shù)據(jù)中對患者預(yù)后的預(yù)測性能
小結(jié)
在本篇學(xué)習(xí)筆記中提出了多種不同的可用于預(yù)測腫瘤預(yù)后的評分方法，通過泛癌分析，相關(guān)分析，LASSO模型等手段探究了這些評分之間的關(guān)聯(lián)以及各自適用的范圍，最終證明了基于40個(gè)基因的TIL評分以及其中包含的基于10個(gè)基因的淋系評分在腫瘤預(yù)后和免疫治療療效中的預(yù)測價(jià)值，而40或10個(gè)基因的模型相比于先前的模型體量也相對較小，更有臨床應(yīng)用的價(jià)值。
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